放射性廃棄物は廃棄するまで厳重に保管しています。
実験の過程で発生した放射性物質を含む廃棄物（放射性廃棄物）は、廃棄物の性状により分別収集し、金属製のドラム缶などに密閉して保管します。保管中は容器の破損や劣化などの異常の有無を点検するとともに、容器表面の放射線量や放射性物質による汚染の有無の測定などを行い、異常のないことを確認しています。その後、国から許可を得ている廃棄業者に引き渡し、処分しています。
廃棄物の分別を徹底し、適正な処理を行うとともに、リサイクル可能なものは再資源化に努めています。
多種多様な研究系廃棄物は専門業者に委託処理しています。
2011年度は、前年度比、一般廃棄物は8.38%（51,418kg）削減、産業廃棄物は7.08%（25,426kg）削減、研究系廃棄物は2.4%（1,720kg）増加となりました。一般廃棄物はそれぞれの事業所ごとに、自治体の基準により分類し、処理することを基本としています。また、研究活動に伴って発生する多岐にわたる研究系廃棄物は、その有害性や危険性などによって分別収集します。その後、各事業所で、自治体から許可を得ている産業廃棄物処理業者に委託して処理・処分を行っています。また、研究廃液はその一部が有価物としてリサイクルされています。和光事業所では研究室で不要となった試薬のリサイクルを実施し、他の研究室で極力利用するよう努めています。
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産業廃棄物処理業者への
研究系液体廃棄物の引き渡し -
不要になった未開封試薬のリサイクル
※一般廃棄物はごみの比重をkg0.3/ℓとし、算出
「環境省 一般廃棄物の排出及び処理状況等（2010年度）について」の基準による
PCB含有廃棄物は法律に従い適正に管理しています。
漏洩対策などの措置を行い保管しているPCB含有廃棄物保管庫
ポリ塩化ビフェニル（PCB）を含有している廃棄物については、「ポリ塩化ビフェニル廃棄物の適正な処理の推進に関する特別措置法」に従い、その保管状況について自治体を通じて国に届け出ています。また、PCB廃棄物専用の保管庫において流出・飛散防止などの措置を行い適正に保管しています。
