通常、売買契約、請負契約などの契約行為は相手方を自由に選び、契約を締結することが出来ますが、独立行政法人は公益のために業務を遂行する機関として位置づけられており、主として国費で運営されているため、一定金額以上の契約については入札による契約を行うなど、公正な調達手続きが制度化されています。

理研では、契約手続きの透明性などを確保し、正確な履行を図るため、役職員により構成される「契約審査委員会」を設置し、指名競争又は随意契約の契約締結適否などについて審査を行っています。さらに外部有識者と監事により構成される「契約監視委員会」を設置し、契約についての点検・見直しに関する審査をしています。このように二重のチェック体制により、契約業務の適正化を推進しています。

また、法令の定めにより、会計監査人による財務諸表等に関する監査及び会計検査院による会計検査を受けています。