Contour Based Segmentation

Segmentation Top

This tool supports contour-based segmentation. When multiple contours are placed, the system automatically computes the segmentation boundary so that 1) it passes through all contours, 2) it passes through image edges, and 3) it has smooth shape at blurred region.
This tool is based on our paper:

[1]Takashi Ijiri, Shin Yoshizawa, Yu Sato, Masaaki Ito, and Hideo Yokota.: Bilateral Hermite Radial Basis Functions for Contour-based Volume Segmentation. To appear in Computer Graphics Forum (EUROGRAPHICS 2013).

Menu > ModeSwitch > "Segmentation Region Growing"をクリックし，このモードを起動
分割対象の領域IDを選択
自動で前計算をします(多少時間がかかります)
Slice by Sliceモードによる領域分割
ツールダイアログのFinishボタンをクリック．領域にIDをつけて終了

Ctrl＋L-drag : 曲面断面の生成．
ダイアログd2ボタン: xy, yz, zx断面の生成

Contour(輪郭線制約)の構築
1. 切断面を配置する(輪郭生成中は固定)
2. New Contourボタン(d2) : 輪郭生成開始．
Shift＋L-click : 断面上に制約点を配置．
Shift＋L-drag : 制約点を移動．
Alt＋L-click : 制約点を削除．
flip sideボタン(d6) : 輪郭線の方向を反転．
closed ボタン(d7) : 輪郭線を開閉．

Finish&Storeボタン(d4) : 輪郭線を登録．
Cancel ボタン (d5) : 輪郭線を破棄．

Space key前景領域表示を一時的にオフ．

均等な輪郭線配置が良い結果を生みやすく、偏った輪郭線配置はおかしな結果になりやすい．
(例．対象領域が球状なら，その球の中心を通る3枚の直行断面など)

d1. Visualization checkbox : 表示切替．
- Foreground on canvas : 切断面上での前景領域のハイライト On / Off
- Boundary Surface : 境界面の表示 On / Off
- Contours : 輪郭線の表示 On/Off

d2. Canvas xy/yz/zx : 断面生成．
d3. New Contour : new contour生成開始．
d4. Finish and store : 現在のcontourを登録．
d5. Cancel : 現在のcontourを破棄．
d6. Flip side : contourの方向を反転．
d7. close : contourを開閉．
d8. Update ROI : B-HRBF法により境界面の再計算を行う

d9. BHRBF parameter : B-HRBFのパラメータ編集(論文参照)
- Color Coef : 画像の影響を表す: 大きいと，画像のエッジに追従しやすくなる．
- Interval : 輪郭線のリサンプリング間隔．小さいと精度が良く計算が遅くなる．

d10. Surface Track M-Cubes : B-HRBF評価時にSurface Tracking法[1]を使用
d11. Auto Update : 領域を自動再計算(裏で計算が走るので邪魔ならOffに)
d12. Save/Load Contours : 指定した輪郭線を一時的に保存 (論文用の機能)

Contour based segmentation

VoTracer I/O Basic Manip. Visualization Segmentation Refinement Top

5) Contour Mesh (B-HRBF)

Workflow