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画像情報処理研究チーム, 光量子工学研究センター, 理化学研究所

レゾナンスバイオの画像処理

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2018/12/21 up
精密工学会　外観検査アルゴリズムコンテスト2018結果発表

レゾナンスバイオが共催の精密工学会　外観検査アルゴリズムコンテスト2018の結果がビジョン技術の実利用ワークショップ ViEW 2018にて発表され、3件のレゾナンスバイオ賞が選ばれました。沢山のご参加(135名エントリー)ありがとうございました。
  • アルコン2018結果・講評


  • レゾナンスバイオ大賞
    • 菅野 純一 氏 (ヴィスコ・テクノロジーズ株式会社)
      競合型領域拡張法による細胞セグメンテーション
      - 細胞同士の競合を利用した領域拡張法により細胞領域を特定するアルゴリズム -

  • レゾナンスバイオ賞
    • 本多 慶伍 氏，堀田 一弘 氏 (名城大学)
      Log-Polar変換とCNNを用いた少ない学習画像から細胞画像の3D instance segmentation
      - semantic segmentation の予測を利用したアルゴリズム -

    • 橋本 大樹 氏，杉原 裕規 氏 (みずほ情報総研株式会社)
      U-Netによる3次元スライス画像の画像セグメンテーション
      - 部分的な正解データから効率よくデータの特徴を学習するアルゴリズム -

2018/7/12 up
精密工学会　外観検査アルゴリズムコンテスト2018共催

今年で18回目を迎える精密工学会　外観検査アルゴリズムコンテスト2018にレゾナンスバイオの画像が課題として採択され現在エントリー受付中です。コンテストの結果は、精密工学会 ビジョン技術の実利用ワークショップ ViEW 2018 パシフィコ横浜アネックスホール 12月6日(木)-7日(金)で発表されます。

2018/4/13 up
レゾナンスバイオH30年度班会議のご案内

下記の様にレゾナンスバイオH30年度班会議を開催します。詳細は会議HPをご参照ください。

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レゾナンスバイオH30年度班会議
日時：2018年6月16日-17日
場所：湘南国際村センター

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2017/12/15 up
精密工学会　外観検査アルゴリズムコンテスト2017結果発表

レゾナンスバイオが共催の精密工学会　外観検査アルゴリズムコンテスト2017の結果がビジョン技術の実利用ワークショップ ViEW 2017にて発表され、3件のレゾナンスバイオ賞が選ばれました。沢山のご参加(145名エントリー)ありがとうございました。
  • アルコン2017結果・講評


  • レゾナンスバイオ大賞
    • 榎本 孝之 氏，宇津木 裕貴 氏，長安 純子 氏，藤田 大 氏 (株式会社ファースト)
      明るさの変化に頑健な位置合わせと分裂モデルを用いた細胞分裂検出
      - 二値画像 における細胞分裂のモデル化 -

    • 佐々木 友哉 氏，山瀬 裕也 氏，山田 晃裕 氏 (徳島大学)
      ラベリング特徴量を用いた細胞分裂の検出と追跡
      - ラベリングから得られる特徴 量より細胞分裂検出するアルゴリズム -

  • レゾナンスバイオ賞
    • 菅野 純一 氏 (ヴィスコ・テクノロジーズ株式会社)
      時系列特徴ヒストグラムの分類を利用した細胞分裂の検出
      - 自己組織化マップに より時系列特徴を分類することで細胞分裂を特定するアルゴリズム -

2017/10/26 up
レゾナンスバイオ専門用語講習会(班員限定)のご案内

下記の様にレゾナンスバイオ専門用語講習会を京都大学での班会議に合わせて開催します。班員の方はぜひ参加お申し込みください。

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レゾナンスバイオ専門用語講習会
日時：2018年1月9日9:00-11:10
場所：京都大学医学部F棟1階セミナー室
講演内容・時間(敬称略)：
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  • 9:00-9:30：曽我 公平 (理科大)「近赤外光の特徴とその蛍光体」
  • 9:30-10:00：根本 知己 (北大)「光の限界に挑む光学顕微鏡」
  • 10:00-10:10:休憩
  • 10:10-11:10：堀田 一弘 (名城大)「Convolutional Neural Networkの画像認識 への応用」
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連絡先：横田班、協力：松田班
部屋にプロジェクターあり,総括班会議は11:30から同じ棟,本会議は13:00から
会場は京大構内地図15番の建物
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2017/9/14 up
平成30年度 公募班募集のお知らせ

新学術領域レゾナンスバイオ平成30年度公募班を募集します。詳細は下記URLをご参照ください。 平成27年度に発足いたしました科研費 新学術領域研究「レゾナンスバイオ：共 鳴誘導で革新するバイオイメージング」の平成30年度公募班公募情報をご案内さ せて頂きます。 当該領域では、分子と光の間の相互作用(共鳴)を究めるバイオイメージング技術 開発を進めています。 プローブ色素と光学顕微鏡に加え、それらと上手く調和 するソフトウェア・アルゴリズムを開発しています。 今回の公募から研究項目 A03「画像処理ソフトウェア」が追加され、画像処理・パターン認識・画像化に 関する技術開発の研究課題をより積極的に歓迎しています。

具体的には以下のような研究項目を想定しています。

  • 画像化・再構成： 顕微鏡のハードウェアやプローブに適したベクトル画像化や 画像の再構成など。
  • 超解像・画像復元： 顕微鏡や色素に特化した超解像、深度によって異なるノイ ズの除去など。
  • パターン認識・解析： 時間的・空間的に変化する蛍光画像の計数、領域抽出、 追跡、分類など。
  • 画像管理・検索： 生物学・光学的な付加情報、大規模な高階調・多チャンネ ル・動画像の効率的な管理・検索システムなど。
上記以外にも、バイオイメージングに関する幅広いソフトウェア・アルゴリズム の研究開発提案を歓迎します。
A03は 応募上限額: 250万円/年、採択目安8件.
(*): 画像処理・パターン認識・画像化の応募内容について、学術的に審査でき る体制(専門委員会)を整える予定です。

2017/5/22 up
精密工学会　外観検査アルゴリズムコンテスト2017

2016年に引き続き精密工学会　外観検査アルゴリズムコンテスト2017はレゾナンスバイオが共催として分裂細胞の解析が課題に採択されました。

2016/12/15 up
精密工学会　外観検査アルゴリズムコンテスト2016結果発表

レゾナンスバイオが共催の精密工学会　外観検査アルゴリズムコンテスト2016の結果がビジョン技術の実利用ワークショップ ViEW 2016にて発表され、3件のレゾナンスバイオ賞が選ばれました。沢山のご参加(156名エントリー)ありがとうございました。
  • アルコン2016結果・講評


  • レゾナンスバイオ大賞
    • 藤田 大 氏，尾河 雄太 氏，長安 純子 氏，渡邉 純貴 氏，近藤 孝洋 氏 (株式会社ファースト)
      二値ブローブ解析による細胞の検出と最尤推定による追跡
  • レゾナンスバイオ賞
    • 菅野 純一 氏 (ヴィスコ・テクノロジーズ株式会社)
      自己組織化マップによる細胞周期の予測を利用した細胞追跡

    • 橋本 大樹 氏，永田 毅 氏，檜作 彰良 氏 (みずほ情報総研株式会社)
      適応的2値化処理を用いた細胞領域抽出

2016/10/28 up
プレスリリース「1分子の構造変化による細胞集団運動の制御」

徳島大学，基盤研等との共同研究成果にてプレスリリースを行いました。

2016/6/30 up
精密工学会　外観検査アルゴリズムコンテスト2016共催

今年で16回目を迎える精密工学会　外観検査アルゴリズムコンテスト2016にレゾナンスバイオの画像が課題として採択され現在エントリー受付中です。コンテストの結果は、精密工学会 ビジョン技術の実利用ワークショップ ViEW 2016 パシフィコ横浜アネックスホール 12月8日(木)-9日(金)で発表されます。

2016/6/30 up
共催の会議情報

  • 第35回日本医用画像工学会大会, シンポジウム２：バイオイメージングの革新的技術開発「共鳴誘導で革新するバイオイメージング」, 千葉大学 7月21日(木)-23日(土), 2016年.
  • Bioimage Informatics Workshop 2016, オーガナイズドセッション 新学術領域研究「共鳴誘導で革新するバイオイメージング」, 大阪大学(吹田) 6月22日(水)-23日(木), 2016年.
  • Biomedical Interface Workshop 石垣市商工会ホール 3月27日(日)-29日(火), 2016年.

2016/4/15 up
第１回班会議写真

2016年3月16日-18日に開催された公開シンポジウム「Swinging on the Chromophore」及び第１回班会議の会議中の写真を下記HPにアップロードしました。

2016/2/1 up
第１回班会議

2016年3月16日-18日に下記公開シンポジウム「Swinging on the Chromophore」及び海外若手招待講演を含む形式にて開催します。3/16はどなたでも参加出来ます(要登録)。3/17-18への参加は班員及び関係者のみです。

2015/12/28 up
公開シンポジウム「Swinging on the Chromophore」 2016年3月16日開催

2016年3月16日にレゾナンスバイオ公開シンポジウム「Swinging on the Chromophore」開催予定です。詳細は下記シンポジウムHPをご覧ください。皆様のご参加をお待ちしております。
  • 会議名: レゾナンスバイオ公開シンポジウム「Swinging on the Chromophore」
  • 開催日時: 2016年3月16日(水)：13:00-17:35
  • 開催場所: KKR熱海 3F 大会議室ラヴィ
  • 参加費無料・要参加登録(2016年2月16日締切り)
  • シンポジウムHP

2015/12/28 up
第１回班会議

2016年3月16日-18日に上記公開シンポジウム「Swinging on the Chromophore」及び海外若手招待講演を含む形式にて開催予定です。

2015/09/14 up
新学術領域計画班「バイオイメージプロセッシング」採択

2015年度より新学術領域研究「レゾナンスバイオ」の計画班「バイオイメージプロセッシング」として採択されました。


新学術領域計画班バイオイメージプロセッシング

平成27年度より文部科学省科学研究補助金 新学術領域研究「レゾナンスバイオ：共鳴誘導で革新するバイオイメージング」の計画研究として研究課題名「バイオイメージプロセッシング」をスタート。

研究概要：

分子をデザインする研究者と光をコントロールする研究者との相互作用が、バイオイメージング技術を飛躍的に向上させるとしたレゾナンス(共振)バイオのアプローチが注目されています。 しかしながら、現状の画像情報処理技術では、その様な新規的・独創的技術から得られる量的・質的に新しい画像の適切な管理・処理は困難です。それゆえ、新たな生物画像情報処理システムの研究・開発が急務であると考えられます。そこで、本計画研究班では、共鳴誘導で革新するバイオイメージングのための新しい生物画像情報処理技術の研究・開発を目的とします。新規イメージング技術から得られた画像データを統一的に管理するクラウド型の画像データベース、画像処理基盤システム、及び画像処理アルゴリズムの研究開発を実施し、領域内外に公開予定です。これは、先端画像処理技術と革新的なアルゴリズムに基づき、量的・質的に従来とは大きく異なる画像を一括して管理・処理・解析しようとする試みで本研究の独創的な特徴です。また、他の各計画研究との密な連携により、生物学・光学・化学・情報学との本格的融合研究の先駆けとなり、新学術領域としての重要な意義を持つ事が期待できます。

具体的な研究中の項目：

本研究では、主に下記4つの研究項目を実施する予定です。
  • 画像処理基礎アルゴリズム:客観的なパターン解析及び画像処理基礎研究
  • 画像処理による 3 次元再構築:画像化計算の研究
  • 情報処理基盤システム・データベースの研究・開発・運用
  • 融合研究の促進：画像処理ソフトウェア作成コンテスト等

研究体制：横田計画班

理化学研究所 画像情報処理研究チームの下記メンバー
  • 横田 秀夫 (代表: 研究統括及び情報システム開発監督)
  • 竹本 智子 (分担：客観的なパターン解析)
  • 吉澤 信 (分担：フィルタ・特徴抽出アルゴリズム)
  • 森田 正彦 (分担：画像データベース・クラウド開発)
  • 世良 俊博 (分担：画像再構成，九州大学)



平成28年度新学術領域「レゾナンスバイオ」公募班公募

平成28年度公募は終了しております

平成27年度に発足いたしました科研費 新学術領域研究「レゾナンスバイオ：共鳴誘導で革新するバイオイメージング」の平成28年度公募班公募情報です。当該領域では、分子と光の間の相互作用(共鳴)を究めるバイオイメージング技術開発を進めていきます。プローブ色素と光学顕微鏡に加え、それらと上手く調和するソフトウェア・アルゴリズムを開発していく予定です。それゆえ、本領域の公募に際し、画像処理・パターン認識・画像化に関する技術開発研究課題を積極的に歓迎します。

想定している研究課題例：

  • 画像化・再構成： 顕微鏡のハードウェアやプローブに適したベクトル画像化や画像の再構成など。
  • 超解像・画像復元： 顕微鏡や色素に特化した超解像、深度によって異なるノイズの除去など。
  • パターン認識・解析： 時間的・空間的に変化する蛍光画像の計数、領域抽出、 追跡、分類など。
  • 画像管理・検索： 生物学・光学的な付加情報、大規 模な高階調・多チャンネル・動画像の効率的な管理・検索システムなど。
上記以外にも、バイオイメージングに関する幅広いソフトウェア・アルゴリズムの開発研究提案を歓迎します。

公募情報：

科研費区分: 新学術領域研究(研究領域提案型)の「継続の研究領域(公募研究)」
  • 領域略称名: レゾナンスバイオ
  • 領 域 番 号: 3704
  • 設定期間: 平成27 度～平成31年度
  • 領域代表者: 宮脇 敦史
  • 所属機関: 理化学研究所脳科学総合研究センター
  • 研究項目
  • A01 分子のデザイン
  • A02 光のコントロール
  • 応募上限額(単年度) : 500万円
  • 採択目安件数: 17件
平成28年度科研費公募要領の65ページ目(PDFファイルの73ページ目)に記載がある領域です。提案画像処理技術が関連するほうを、A01(色素、プローブなど)またはA02(顕微鏡、レーザーなど)から選択してください。画像処理・パターン認識・画像化の応募内容について、学術的に審査できる体制(専門委員会)を整える予定です。

領域情報(敬称略)

名称：共鳴誘導で革新するバイオイメージング (レゾナンスバイオ)
領域代表者:宮脇 敦史 (理研), バイオイメージング： 色素・プローブ・蛍光タンパク・FRET等

各計画班代表者

  • 今村 健志 (愛媛大), バイオイメージング： がん転移・蛍光・化学解析等
  • 松田 道行 (京大), バイオセンサー： FRET・細胞間コミュニケーション等
  • 根本 知己 (北大), 生物物理学： ベクトルレーザー光・多格子顕微鏡等
  • 曽我 公平 (理科大), 材料工学： 近赤外・光るナノ粒子等
  • 神谷 真子 (東大), 生化学：超解像・プローブ等
  • 横田 秀夫 (理研), 精密工学： 画像処理システム・画像取得装置等


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