本データは精密工学会外観検査アルゴリズムコンテスト2011年で用いた入力画像とその検出・分類結果です。 教育・研究目的での使用に限ります。また、各Dataの使用にあたってはCopyright.txtに御留意ください。 ____________________________________________________________________________________________________ OriginalImage: 　 アルコン用画像(bmp) PrticleFile:正解データ (*):点:左上のピクセルのピクセル中心を(0,0)とし､x軸の正方向を右、y軸の正方向を下とします。１ピクセルのピッチは1:1で一辺の長さは１です。 　　　例えば一番左上のピクセルの四つ角の座標値は、左上(-0.5,-0.5)、右上(0.5,- 0.5)、左下(-0.5,0.5)、右下(0.5,0.5)です。 (*):核位置cell_position、輝点位置particle_position cell_position下のファイルフォーマット： 1行目：細胞の数 2行目以降：核のx座標、y座標、半径、細胞ID番号 particle_position下のファイルフォーマット： 1行目：細胞の数 2行目以降：オートファゴソームのx座標、y座標、半径、所属する細胞のID番号 #正解ファイルは生物学者3名による手作業検出をmergeしたもの ----------------------------------------------- (1) **_cell.txt ⇒ 細胞領域の正解データ（cell_position） ----------------------------------------------- L1 細胞数 L2以降 正解領域の円の中心x，y，半径r，細胞ID sample: 5 　 ⇒ 細胞の数 152.0,220.0,50.5,1 ⇒ 正解領域の円の中心x，y，半径r，細胞ID 317.0,410.0,48.0,2 593.0,517.0,55.1,3 342.0,887.0,68.7,4 207.0,882.0,57.1,5 ----------------------------------------------- (2) **_merge.txt ⇒ particleの正解データ(particle_position) ----------------------------------------------- L1 細胞数 L2以降 正解領域の円の中心x，y，半径r，所属細胞のID sample: 4　　　　　　　　⇒ 細胞の数 336.217984,230.190736,6.975477,1　　⇒ 正解領域の円の中心x，y，半径r，所属細胞のID 578.964578,256.697548,5.580381,1 591.520436,238.561308,5.580381,1 ・・・ ・・・ ・・・ 468.752044,471.542234,2.790191,2 501.304269,442.710263,2.790191,2 540.366939,426.899183,2.790191,2 ・・・ ・・・ 638.953678,558.968211,2.092643,3 624.072661,599.891008,2.092643,3 627.792916,581.289737,2.092643,3 693.827430,565.478656,2.092643,3 ・・・ ・・・ 413.878292,819.386013,2.092643,4 423.178928,789.623978,2.092643,4 411.088102,805.435059,2.092643,4 386.906449,837.987284,2.092643,4 ResultImage: 　正解座標を画像上にプロットしたもの（tif) _____________________________________________________________________________________________________ 対象： 飢餓培地でのマウス胎児繊維芽細胞（Miouse embryonic fibroblast; MEF）に内在する、免疫染色したLC3 撮影情報： 顕微鏡:　OLYMPUS, FV1000　（共焦点蛍光顕微鏡） 倍率: x60、 Image Size: 1024x1024 pixel resolution: x-y 0.158μm (*): 16bit tifを線形補間で8bit bmpに変換しています。 生物学的補足： 飢餓培地: 栄養がない培地; EBSS, Sigma 免疫染色: 1次抗体：rabbit anti-LC3 antibody、2次抗体：Alexa488 anti-rabbit antibodyを使用 ---この画像では、何を観察しているのか？ 生物学者は飢餓処理により形成されるLC3-IIのドットが見たい。 LC3は、飢餓処理でLC3-Iが修飾されLC3-IIになります。LC3-Iは膜に結合しないので細胞質全体に拡散していますが、LC3-IIはオートファゴソーム膜に突き刺さります。 この細胞では富栄養状態ではほぼすべてがLC3-Iですが、飢餓処理をするとLC3-IIができて、LC3-IとLC3-IIが混在するようになります。 しがたって厳密には、LC3=オートファゴソーム（LC3-II）ではなく、LC3-positive (LC3-II-positive)ドットをオートファゴソームと呼びます。 参考文献： (*): K. Matsunaga et al., Nature Cell Biol., inpress. (*):Kabeya Y, Mizushima N, Ueno T, Yamamoto A, Kirisako T, Noda T, Kominami E, Ohsumi Y, Yoshimori T., LC3, a mammalian homologue of yeast Apg8p, is localized in autophagosome membranes after processing, MBO J. 2000 Nov 1;19(21):5720-8. Erratum in: EMBO J. 2003 Sep 1;22(17):4577. (*):オートファゴソーム全般について (*):Yoshimori T., Autophagy: Paying Charon's Toll, Cell 128: 833 - 6 (2007). (*):Yoshimori T., Autophagy: a regulated bulk degradation process inside cells, Biochem Biophys Res Commun. 313: 453-8 (2004). (*):大阪大学大学院 生命機能研究科/医学系研究科 吉森研究室のオートファジー解説 画像取得： 　大阪大学 吉森研究室 正解データ作成： 　大阪大学 吉森研究室 　理化学研究所 画像情報処理チーム _____________________________________________________________________________________________________ 論文やHPなどで使用する場合は、下記Copyrightにしたがって吉森研究室(大阪大学)と画像処理研究チーム(理研)をacknowledgeください。 Copyright (c) Tamotsu Yoshimori (Osaka University) and Image Processing Research Team (RIKEN), 2013. The input data OriginalImages folders are courtesy of Tamotsu Yoshimori (Osaka University). All rights reserved by prof. Yoshimori and Image Processing Research Team (RIKEN). This data is only allowed for educational and research purposes. (*):If you use only OriginalImages data then Prof. Tamotsu Yoshimori should be mentioned in your paper if you use this data for research publication. Also you may cite the papers: (*): K. Matsunaga et al., Nature Cell Biol., inpress. (*):Yoshimori T., Autophagy: Paying Charon's Toll, Cell 128: 833 - 6 (2007). (*):Yoshimori T., Autophagy: a regulated bulk degradation process inside cells, Biochem Biophys Res Commun. 313: 453-8 (2004). For the commercial use of the data, please contact Prof. Yoshimori: http://saibouseigyo.com/en/member/ (*): If you use both OriginalImages and Results (ParticleFile and ResultImages) then Prof. Tamotsu Yoshimori and Image Processing Research Team (RIKEN) should be mentioned in your paper when you use the both data for research publication. For the commercial use of the both data, please contact Image Processing Research Team, RIKEN, Japan: http://www.riken.jp/brict/index_e.html