バイオインフォマティクスリテラシーI　（立体構造予測I）

5月28日(月)、31日(木)

• ヒトゲノムマップ　→　http://www.lif.kyoto-u.ac.jp/genomemap/
  
  
• タンパク質立体構造データベース
  • wwPDB　→　http://www.wwpdb.org/
  • RCSB PDB　→　http://www.rcsb.org/pdb/
  • MDS EBI　→　http://www.ebi.ac.uk/msd/
  • PDBj　→　http://www.pdbj.org/
    • PISCES　→　http://dunbrack.fccc.edu/PISCES.php
  
  
• タンパク質立体構造分類データベース
  • SCOP　→　http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
  • CATH　→　http://cathwww.biochem.ucl.ac.uk/latest/
  
  
• タンパク質立体構造比較サーバー
  • CE　→　http://cl.sdsc.edu/
  • DALI Database　→　http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/
    • DALI　→　http://www.ebi.ac.uk/dali/
  • VAST　→　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/VAST/vast.shtml
  • MATRAS　→　http://biunit.naist.jp/matras/index-j.html
  
  
• 【実習】 CEでアラインメントした1BFRと1EUMのPDBファイル　→　1BFR-1EUM.pdb
  
  
• 相同性検索
  • NCBI BLAST/PSI-BLAST　→　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
  • GenomeNet
    • FASTA　→　http://fasta.genome.jp/
    • BLAST　→　http://blast.genome.jp/
    • CLUSTALW　→　http://align.genome.jp/
  • DDBJ
    • FASTA　→　http://fasta.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
    • BLAST　→　http://blast.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
    • PSI-BLAST　→　http://psiblast.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
    • SSEARCH　→　http://ssearch.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
    • CLUSTALW　→　http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
  
  
• バイオインフォマティクスの有用なリンク（統合サイトなど）
  • Entrez/NCBI　→　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/
  • Services/EMBL-EBI　→　http://www.ebi.ac.uk/services/
  • GenomeNet/Kyoto Univ.　→　http://www.genome.jp/
    • DBGET Database Links　→　http://www.genome.jp/dbget/dbget.links.html
  • DDBJ/NIG　→　http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-e.html
  • ExPASy　→　http://www.expasy.ch/
    • <Site Map>　→　http://www.expasy.ch/sitemap.html
  • ANGIS　→　http://www.angis.org.au/
    • <Links>　→　http://www.angis.org.au/links.shtml
  • Bio-mirror　→　http://bio-mirror.net/
  
  
• バイオインフォマティクスのWeb上での勉強
  • JST Webラーニングプラザ　→　http://weblearningplaza.jst.go.jp/
  • GenomeNet バイオインフォマティクス入門コース 　→　http://www.genome.jp/Japanese/lect/course.html
  
  
• 【実習】 1MBNの配列　→　1MBN.txt