バイオインフォマティクスリテラシーI　（立体構造予測分野）

5月29日(月)、31日(水)

• ヒトゲノムマップ　→　http://www.lif.kyoto-u.ac.jp/genomemap/
  
  
• タンパク質立体構造データベース
  • PDB　→　http://www.rcsb.org/pdb/
  • PDBj　→　http://www.pdbj.org/
    • PISCES　→　http://dunbrack.fccc.edu/PISCES.php
  
  
• タンパク質立体構造分類データベース
  • SCOP　→　http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
  • CATH　→　http://cathwww.biochem.ucl.ac.uk/latest/
  
  
• タンパク質立体構造比較サーバー
  • CE　→　http://cl.sdsc.edu/
  • DALI/FSSP　→　http://www.ebi.ac.uk/dali/
  • VAST　→　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/VAST/vast.shtml
  • MATRAS　→　http://biunit.naist.jp/matras/index-j.html
  
  
• 【実習】 CEでアラインメントした1BCFと1EUMのPDBファイル　→　1BCF-1EUM.pdb
  
  
• 相同性検索
  • NCBI BLAST/PSI-BLAST　→　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
  • GenomeNet
    • FASTA　→　http://fasta.genome.jp/
    • BLAST　→　http://blast.genome.jp/
    • CLUSTALW　→　http://align.genome.jp/
  • DDBJ
    • FASTA　→　http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/fasta-j.html
    • BLAST　→　http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/blast-j.html
    • PSI-BLAST　→　http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/psi_blast-j.html
    • SSEARCH　→　http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/ssearch-j.html
    • CLUSTALW　→　http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/clustalw-j.html
  
  
• バイオインフォマティクスの有用なリンク（統合サイトなど）
  • Entrez/NCBI　→　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/
  • Services/EMBL-EBI　→　http://www.ebi.ac.uk/services/
  • GenomeNet/Kyoto Univ.　→　http://www.genome.jp/
    • DBGET Database Links　→　http://www.genome.jp/dbget/dbget.links.html
  • DDBJ/NIG　→　http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-e.html
  • ExPASy　→　http://www.expasy.ch/
    • <Site Map>　→　http://www.expasy.ch/sitemap.html
  • ANGIS　→　http://www.angis.org.au/
    • <Links>　→　http://www.angis.org.au/links.shtml
  • Bio-mirror　→　http://bio-mirror.net/
  
  
• バイオインフォマティクスのWeb上での勉強
  • JST Webラーニングプラザ　→　http://weblearningplaza.jst.go.jp/
  • GenomeNet バイオインフォマティクス入門コース 　→　http://www.genome.jp/Japanese/lect/course.html
  
  
• 【実習】 1MBNの配列　→　1MBN.txt
  
  

6月5(月)、7日(水)

• 二次構造予測
  • NPS@　→　http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_seccons.html
  • Jpred　→　http://www.compbio.dundee.ac.uk/~www-jpred/submit.html
  • PHDsec　→　http://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/submit_def.html
  • PSIPRED　→　http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/psiform.html
  • PREDATOR　→　http://www-db.embl-heidelberg.de/jss/servlet/de.embl.bk.wwwTools.GroupLeftEMBL/argos/predator/predator_info.html
  • NNPREDICT　→　http://www.cmpharm.ucsf.edu/%7Enomi/nnpredict.html
    
    
  • (参考)　膜貫通領域予測
    • SOSUI　→　http://sosui.proteome.bio.tuat.ac.jp/sosuiframe0.html
    • TMHMM　→　http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
    • TMpred　→　http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
    • MEMSAT3　→　http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/psiform.html
      • 膜貫通PDB　TMPDB　→　http://bioinfo.si.hirosaki-u.ac.jp/~TMPDB/
    
    
  • (参考)　ドメイン検索
    • Pfam　→　http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/search.shtml
    • ProDom　→　http://protein.toulouse.inra.fr/prodom/current/html/form.php
    • TIGR FAMs　→　http://tigrblast.tigr.org/web-hmm/
    • CDD　→　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml
    • SMART　→　http://smart.embl-heidelberg.de/
    
    
  • (参考)　モチーフ検索
    • PROSITE　→　http://www.expasy.ch/prosite/
    • BLOCKS　→　http://blocks.fhcrc.org/
    • PRINTS　→　http://umber.sbs.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/
    
    
  • (参考)　ドメイン・モチーフ等統合検索
    • InterPro　→　http://www.ebi.ac.uk/interpro/
    • GenomeNet MOTIF search　→　http://motif.genome.jp/
    
    
  
  
• 【実習】 2GB1の配列　→　2GB1.txt
  
  
• タンパク質立体構造予測の国際コンテスト：CASP　→　http://predictioncenter.gc.ucdavis.edu/
  
  
• ホモロジーモデリング（比較モデリング）
  • MODELLER　→　http://www.salilab.org/modeller/
  • SWISS-MODEL　→　http://swissmodel.expasy.org/
    • WCWRL3　→　http://dunbrack.fccc.edu/SCWRL3.php
  
  
• 【実習】 T0225の配列　→　T0225.fasta
  
  
• 構造の評価
  • Verify3D　→　http://nihserver.mbi.ucla.edu/Verify_3D/
  • PROCHECK　→　http://www.biochem.ucl.ac.uk/~roman/procheck/procheck.html
  • ProSa　→　http://www.came.sbg.ac.at/typo3/index.php?id=prosa
  
  
• フォールド認識法（Threadingなど）
  • 3D-Jury (meta server)　→　http://bioinfo.pl/meta/
  • GeneSilico (meta server)　→　http://genesilico.pl/meta/
  • META II (meta server)　→　http://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/submit_meta.html
  • 3D-PSSM　→　http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~3dpssm/
  • mGenThreader　→　http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/psiform.html
  • FUGUE2　→　http://www-cryst.bioc.cam.ac.uk/~fugue/prfsearch.html
  • SAM-T02　→　http://www.soe.ucsc.edu/research/compbio/HMM-apps/T02-query.html
  • FFAS03　→　http://ffas.ljcrf.edu/ffas-cgi/cgi/ffas.pl
  • INUB　→　http://inub.cse.buffalo.edu/form.html
  • FORTE　→　http://www.cbrc.jp/htbin/forte-cgi/forte_form.pl
  
  
• ab initio / de novo予測法
  • Robetta　→　http://robetta.bakerlab.org/
    • Rosetta@home　→　http://boinc.bakerlab.org/rosetta/
  • Protinfo　→　http://protinfo.compbio.washington.edu/
  • ROKKY　→　http://predict.chem.sci.kobe-u.ac.jp/rokky/
  • HMMSTR　→　http://www.bioinfo.rpi.edu/~bystrc/hmmstr/server.php
  
  
• 【課題】 ホモロジーモデリングT0229の配列　→　T0229.fasta