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理化学研究所 開拓研究本部
今本細胞核機能研究室
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E-mail: nimamoto _at_ riken. jp

メンバー

木村 誠 (KIMURA, Makoto)

 

木村 誠
研究室のある生物科学研究棟4階から

専任研究員 (Senior Research Scientist)
  2007年秋より今本細胞核機能研究室に所属


研究課題

核―細胞質間の蛋白質輸送を担う核輸送因子Importinβファミリー蛋白質の輸送基質特異性や機能分担について研究しています。ヒトで20種類存在するImportinβファミリー蛋白質は、数千種類の核蛋白質の運搬体として核―細胞質間の輸送を分担しています。それぞれのImportinβファミリー運搬体は基質(積荷)蛋白質を選択して輸送するため、核蛋白質は運搬体によってグループ分けされ、それぞれの蛋白質群は多くの並列に構成された経路で輸送されることになります。この輸送システムの具体的な構成や各輸送経路の役割について明らかにしたいと考えています。

SILAC-Tp法による核内輸送基質の大規模同定

Importinβファミリー輸送因子は蛋白質の細胞核内外への輸送を分担しています。(reviewed in Kimura and Imamoto, Traffic 15, 727-748. 2014)

 

培養細胞の安定同位体標識(stable isotope labeling by amino acids in cell cultre: SILAC)、透過性細胞を用いた核内輸送再構成系(in vitro transport system)、質量分析(LC-MS/MS)を組み合わせた輸送基質蛋白質同定方法(SILAC-Tp法)を確立しました。(This figure was originally published by Kimura et al., Mol. Cell. Proteomics 12, 145-157. 2013)

 

それぞれの輸送因子は基質蛋白質の機能により特定の細胞活動と結びつけられます。(Kimura et al., eLife, 2017, 10.7554/eLife.21184)

 

変異体NTR(Transportin-SR, Importin-13)と輸送基質蛋白質の結合解析から、核移行シグナル(NLS)共通配列をもたない基質は、NTRの様々な部位に結合すると予想されます。(This figure was originally published by Kimura et al., Sci. Rep. 11, 15649. 2021)

以前の研究課題

遺伝子の転写調節機構、RNAポリメラーゼの構造と機能など。

 

筆頭著者原著論文 (First author original papers)

  • M. Kimura (corresp. auth.), K. Imai (co-first, corresp. auth.), Y. Morinaka, Y. Hosono-Sakuma, P. Horton, N. Imamoto (corresp. auth.)
    Distinct mutations in importin-β family nucleocytoplasmic transport receptors transportin-SR and importin-13 affect specific cargo binding.
    Sci. Rep. 11, 15649 (2021).
  • S. Yamano, M. Kimura (co-first auth.), Y. Chen, N. Imamoto and R. Ohki.
    Nuclear import of IER5 is mediated by a classical bipartite nuclear localization signal and is required for HSF1 full activation.
    Exp. Cell Res. 386, 111686 (2020).
  • M. Kimura (corresp. auth.), Y. Morinaka, K. Imai, S. Kose, P. Horton and N. Imamoto (corresp. auth.)
    Extensive cargo identification reveals distinct biological roles of the 12 importin pathways.
    eLife 2017 10.7554/eLife.21184 (2017).
  • M. Kimura (corresp. auth.), N. Okumura, S. Kose, T. Takao and N. Imamoto (corresp. auth.)
    Identification of cargo proteins specific for importin-β with importin-α applying a stable isotope labeling by amino acids in cell culture (SILAC)-based in vitro transport system.
    J. Biol. Chem. 288, 24540-24549 (2013).
  • M. Kimura (corresp. auth.), S. Kose, N. Okumura, K. Imai, M. Furuta, N. Sakiyama, K. Tomii, P. Horton, T. Takao and N. Imamoto (corresp. auth.)
    Identification of cargo proteins specific for the nucleocytoplasmic transport carrier transportin by combination of an in vitro transport system and stable isotope labeling by amino acids in cell culture (SILAC)-based quantitative proteomics.
    Mol. Cell. Proteomics 12, 145-157 (2013).
  • M. Kimura (corresp. auth.)
    IRF2-binding protein-1 is a JDP2 ubiquitin ligase and an inhibitor of ATF2-dependent transcription.
    FEBS lett. 582, 2833-2837 (2008).
  • M. Kimura (corresp. auth.) and A. Ishihama
    Tfg3, a subunit of the general transcription factor TFIIF in Schizosaccharomyces pombe, functions under stress conditions.
    Nucl. Acids Res. 32, 6706-6715 (2004).
  • M. Kimura (corresp. auth.), H. Suzuki and A. Ishihama
    Formation of a carboxy-terminal domain-phosphatase (Fcp1)/TFIIF/RNA polymerase II (pol II) complex in Schizosaccharomyces pombe involves direct interaction between Fcp1 and the Rpb4 subunit of pol II.
    Mol. Cell. Biol. 22, 1577-1588 (2002).
  • M. Kimura, H. Sakurai and A. Ishihama
    Intracellular contents and assembly states of all 12 subunits of the RNA polymerase II in the fission yeast Schizosacchromyces pombe.
    Eur. J. Biochem. 268, 612-619 (2001).
  • M. Kimura (corresp. auth.) and A. Ishihama
    Involvement of multiple subunit-subunit contacts in the assembly of RNA polymerase II.
    Nucl. Acids Res. 28, 952-959 (2000).
  • M. Kimura, A. Ishiguro and A. Ishihama
    RNA polymerase II subunit 2, 3 and 11 form a core subassembly with DNA binding activity.
    J. Biol. Chem. 272, 25851-25855 (1997).
  • M. Kimura and A. Ishihama
    Subunit assembly in vivo of Escherichia coli RNA polymerase: role of the amino-terminal assembly domain of alpha subunit.
    Genes Cells 1, 517-528 (1996).
  • M. Kimura and A. Ishihama
    Functional map of the alpha subunit of Escherichia coli RNA polymerase: amino acid substitution within the amino-terminal assembly domain.
    J. Mol. Biol. 254, 342-349 (1995).
  • M. Kimura and A. Ishihama
    Functional map of the alpha subunit of Escherichia coli RNA polymerase: insertion analysis of the amino-terminal assembly domain.
    J. Mol. Biol. 248, 756-767 (1995).
  • M. Kimura, N. Fujita and A. Ishihama
    Functional map of the alpha subunit of Escherichia coli RNA polymerase: deletion analysis of the amino-terminal assembly domain.
    J. Mol. Biol. 242, 107-115 (1994).
  • M. Kimura and H. Fujisawa
    Dissection of functional domains of the packaging protein of bacteriophage T3 by site-directed mutagenesis.
    Virology 180, 709-715 (1991).

総説など (Reviews)

  • M. Kimura (corresp. auth.) and N. Imamoto
    Biological significance of the importin-β family-dependent nucleocytoplasmic transport pathways. Traffic 15, 727-748 (2014).
  • M. Kimura, K. Thakar, S. Karaca, N. Imamoto and R. H. Kehlenbach
    Novel approaches for the identification of nuclear transport receptor substrates.
    Methods Cell Biol. 122, 353-378 (2014).
  • M. Kimura, H. Mitsuzawa and A. Ishihama
    Transcription apparatus of S. pombe: RNA polymerases and accessory factors.
    In: Molecular Biology of Schizosacharimyces pombe (Springer-Verlag Berlin/ Heidelberg/New York, edited by Richard Egel). pp. 329-342 (2004).
  • 木村 誠
    インポーティンβファミリータンパク質が媒介する核−細胞質間輸送
    生化学 87-1, 7-15 (2015).
  • 木村 誠
    RNAポリメラーゼ, キーワードで理解する転写イラストマップ(田村隆明・編, 羊土社)pp. 19-26 (2004).

主な職歴

国立遺伝学研究所・助手
理化学研究所(筑波)バイオリソースセンター・先任研究員

学  歴

京都大学理学部卒業
京都大学大学院理学研究科修士課程修了
総合研究大学院大学生命科学研究科博士課程修了・博士(理学)

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