生物基盤構築チーム, VCAD システム研究プログラム, 理化学研究所
理事長ファンド関連フォーラム
生命現象を定量化する情報基盤構築
-画像処理による定量解析にむけて-
開催日程:平成23年
- 2月2日10:00-19:00： 筑波研究所 事務棟大会議室 筑波プログラム
- 2月7日10:00-19:00: 和光研究所 鈴木梅太郎ホール 和光プログラム
- 2月16日13:00-19:00: 神戸研究所CDB C棟1Fオーディトリアム 神戸プログラム
- 3月10日13:00-19:00: 横浜研究所 交流棟ホール 横浜プログラム
開催場所(理化学研究所): 筑波研究所、横浜研究所、和光研究所、神戸研究所
参加登録: 不要
開催趣旨:
最近、生物科学分野では、現象を定量的に捉え、その原理を数理モデルによってを用いて解明する理論生物学 や計算生物学が活発化している。現在、このための定量データ取得や、解析法が必要とされています。 ＶＣＡＤシステム研究プログラムでは、各種観察装置から得られる多次元画像情報を、単なる写真としてではなく、格子上の空間における物質量や現象の数値情報ととらえ、それらを定量化するための情報処理技術の開発を行ってきました。 本ワークショップでは、これまでに開発を進めてきた画像解析を中心とする情報処理技術と今後の展開をについて述べると共に、理研内に公開している画像処理ソフトウェアを紹介します。また、生物科学者から「生物学から見た画像解析の必要性、解析例、画像解析に望むこと」についてご講演頂くと同時に、情報科学者から「情報学から見た生物観察画像の定量化」についての講演を行います。両者の講演及び議論からによって、生物科学と情報科学研究者の交流や新たなコミュニティ形成を図り、単なるユーザーと開発者の関係から一歩踏みだした関係をの構築することにより、理研オリジナルのな研究手法や、新しい視点から互いの研究分野を牽引する仕組みを構築すること目指します。皆様のご参加と活発な議論をお待ちしています。
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参考HP:
- 外観検査アルゴリズムコンテスト2010: 細胞内観察画像として取得された細胞内の粒子の動きを計測する「変形する密集粒子の追跡」アルゴリズムのコンテストを実施しました。
- 細胞内ロジスティクス研究の目的と意義: 細胞内画像処理と分子生物学の融合研究である科研費新学術領域「細胞内ロジスティクス」の研究概要です。
フォーラム概要:
- 生命現象の数値化に関する講演
- 画像処理による定量化技術の講演
- インタラクティブポスターセッション
-画像処理公開ソフトウェアの実演- - VCADシステムの新展開
- VCAD公開ソフトウェア
- 生物情報基盤構築チーム
- 超精密加工技術開発チーム
プログラム
フォーラムのプログラムは各研究所毎に異なりますので御注意ください。筑波研究所 和光研究所 神戸研究所 横浜研究所
筑波研究所プログラム:
- 10:00-10:05 開会の挨拶：斉藤 茂和 イノベーション推進センター長
- 10:05-10:35 VCADシステム研究プログラム概要: 牧野内 昭武PD
- 10:35-11:20 生命現象の数量化に向けた画像処理ソフトウェア開発: 横田 秀夫TL
- 11:20-11:55 生物学研究者の講演「細胞生物学におけるライブイメージングの現状」：中野 明彦TL
(講演内容)画像定量化の必要性、方法、要望など - 13:00-14:00 定量化のための画像処理技術についての講演：1時間
生物基盤構築チーム チーム員- 定量化と特徴量：吉澤 信 15分
- 定量化と領域抽出・認識 竹本 智子 15分
- 定量化とインターフェース 井尻 敬 15分
- 次世代VCAT 5.0 西村 将臣 15分
- 14:00-14:10 休憩
- 14:10-16:10 インタラクティブポスターセッション：2時間
-画像処理公開ソフトウェアの実演- - VCAT1.5.1: 3D画像汎用領域抽出ソフト(含む物理計算メッシュ生成等)
- P-Smoother: 平滑化(ノイズ除去)・フォーマット変換ソフト
- Particle Editor: オブジェクト追跡の為の時系列画像の点群配置ソフト
- MMI Generator: Mean Shift法による連番2D画像の領域クラスタリングソフト
- ROI Segmenter: 機械学習を用いた３D画像領域抽出ソフト
- Vcat property: ３次元抽出領域の統計解析ソフト
- Graph Cut 2D: グラフカット法による２D画像の領域抽出ソフト
- V-Tracer: ３D画像の可視化・抽出領域の直観的な編集ソフト
- 16:10-16:25 休憩
- 16:25-16:55 VCADシステムの新展開：30分
- VCAD公開ソフトウェア: 牧野内 昭武PD・須長 秀行TL 10分
- 生物情報基盤構築チーム:横田 秀夫TL 10分
- 超精密加工技術開発チーム:山形 豊TL 10分
- 16:55-17:00 閉会の挨拶：横田TL or 牧野内PD
- 17:30-19:00 懇親会：参加費実費
日時: 平成23年2月2日(水) 10:00-19:00
場所: 筑波研究所 事務棟大会議室
-午前の部-
和光研究所プログラム:
- 10:00-10:05 開会の挨拶：斉藤 茂和 イノベーション推進センター長
- 10:05-10:35 VCADシステム研究プログラム概要: 牧野内 昭武PD
- 10:35-11:20 生命現象の数量化に向けた画像処理ソフトウェア開発: 横田 秀夫TL
- 11:20-11:55 生物学研究者の講演：宮脇 敦史 BSI副センター長
(講演内容)画像定量化の必要性、方法、要望など - 13:00-14:00 定量化のための画像処理技術についての講演：1時間
生物基盤構築チーム チーム員- 定量化と特徴量：吉澤 信 15分
- 定量化と領域抽出・認識 竹本 智子 15分
- 定量化とインターフェース 井尻 敬 15分
- 次世代VCAT 5.0 西村 将臣 15分
- 14:00-14:10 休憩
- 14:10-14:40 VCADシステムの新展開：30分
- VCAD公開ソフトウェア: 牧野内 昭武PD・須長 秀行TL 10分
- 生物情報基盤構築チーム:横田 秀夫TL 10分
- 超精密加工技術開発チーム:山形 豊TL 10分
- 14:40-15:30 インタラクティブポスターセッション: 50分
-画像処理公開ソフトウェアの実演- - VCAT1.5.1: 3D画像汎用領域抽出ソフト(含む物理計算メッシュ生成等)
- P-Smoother: 平滑化(ノイズ除去)・フォーマット変換ソフト
- Particle Editor: オブジェクト追跡の為の時系列画像の点群配置ソフト
- MMI Generator: Mean Shift法による連番2D画像の領域クラスタリングソフト
- ROI Segmenter: 機械学習を用いた３D画像領域抽出ソフト
- Vcat property: ３次元抽出領域の統計解析ソフト
- Graph Cut 2D: グラフカット法による２D画像の領域抽出ソフト
- V-Tracer: ３D画像の可視化・抽出領域の直観的な編集ソフト
- 15:30-15:35 閉会の挨拶：横田TL or 牧野内PD
日時: 平成23年2月7日(水) 10:00-15:35
場所: 和光研究所 鈴木梅太郎ホール
-午前の部-
神戸研究所プログラム:
- 13:00-13:05 開会の挨拶：斉藤 茂和 イノベーション推進センター長
- 13:05-13:35 VCADシステム研究プログラム概要: 牧野内 昭武PD
- 13:35-14:20 生命現象の数量化に向けた画像処理ソフトウェア開発: 横田 秀夫TL
- 14:20-14:30 休憩
- 14:30-15:30 定量化のための画像処理技術についての講演：1時間
生物基盤構築チーム チーム員- 定量化と特徴量：吉澤 信 15分
- 定量化と領域抽出・認識 竹本 智子 15分
- 定量化とインターフェース 井尻 敬 15分
- 次世代VCAT 5.0 西村 将臣 15分
- 15:30-15:40 休憩
- 15:40-16:40 インタラクティブポスターセッション：１時間
-画像処理公開ソフトウェアの実演- - VCAT1.5.1: 3D画像汎用領域抽出ソフト(含む物理計算メッシュ生成等)
- P-Smoother: 平滑化(ノイズ除去)・フォーマット変換ソフト
- Particle Editor: オブジェクト追跡の為の時系列画像の点群配置ソフト
- MMI Generator: Mean Shift法による連番2D画像の領域クラスタリングソフト
- ROI Segmenter: 機械学習を用いた３D画像領域抽出ソフト
- Vcat property: ３次元抽出領域の統計解析ソフト
- Graph Cut 2D: グラフカット法による２D画像の領域抽出ソフト
- V-Tracer: ３D画像の可視化・抽出領域の直観的な編集ソフト
- 16:40-16:50 休憩
- 16:50-17:20 VCADシステムの新展開：30分
- VCAD公開ソフトウェア: 牧野内 昭武PD・須長 秀行TL 10分
- 生物情報基盤構築チーム:横田 秀夫TL 10分
- 超精密加工技術開発チーム:山形 豊TL 10分
- 17:20-17:25 閉会の挨拶：横田TL or 牧野内PD
- 17:30-19:00 懇親会：参加費実費 (会場：神戸研 CDB C棟1F CDBサロン)
日時: 平成23年2月16日(水) 13:00-19:00
場所: 神戸研究所 CDB C棟1Fオーディトリアム
横浜研究所プログラム:
- 13:00-13:05 開会の挨拶：横田 秀夫 TL
- 13:05-13:35 VCADシステム研究プログラム概要: 牧野内 昭武PD
- 13:35-14:20 生命現象の数量化に向けた画像処理ソフトウェア開発: 横田 秀夫TL
- 14:20-14:55 生物学研究者の講演：今本 尚子 主任研究員
(講演内容)画像定量化の必要性、方法、要望など - 14:55-15:00 休憩
- 15:00-16:00 定量化のための画像処理技術についての講演：1時間
生物基盤構築チーム チーム員- 定量化と特徴量：吉澤 信 15分
- 定量化と領域抽出・認識 竹本 智子 15分
- 定量化とインターフェース 井尻 敬 15分
- 次世代VCAT 5.0 西村 将臣 15分
- 16:00-16:10 休憩
- 16:10-16:40 VCADシステムの新展開：30分
- 超精密加工技術開発チーム／先端工作支援チームの紹介：山形 豊TL 10分
- 生命現象を定量化する情報基盤構築の今後の展開: 横田 秀夫TL 10分
- VCAD 公開ソフトウェアダウンロードサイトの紹介：須長 秀行TL 10分
- 16:40-17:25 インタラクティブポスターセッション：45分
-画像処理公開ソフトウェアの実演- - VCAT1.5.1: 3D画像汎用領域抽出ソフト(含む物理計算メッシュ生成等)
- P-Smoother: 平滑化(ノイズ除去)・フォーマット変換ソフト
- Particle Editor: オブジェクト追跡の為の時系列画像の点群配置ソフト
- MMI Generator: Mean Shift法による連番2D画像の領域クラスタリングソフト
- ROI Segmenter: 機械学習を用いた３D画像領域抽出ソフト
- Vcat property: ３次元抽出領域の統計解析ソフト
- Graph Cut 2D: グラフカット法による２D画像の領域抽出ソフト
- V-Tracer: ３D画像の可視化・抽出領域の直観的な編集ソフト
- 17:25-17:30 閉会の挨拶：牧野内PD
- 17:30-19:00 懇親会：参加費実費 (会場：食堂)
日時: 平成23年3月10日(木) 13:00-19:00
場所: 横浜研究所 交流棟ホール
お問い合わせ:
- 独立行政法人 理化学研究所 VCADシステム研究プログラム
生物基盤構築チーム logi-conf[_at_]riken.jp
主催: 理化学研究所
平成２２年度 戦略的研究展開事業 「生物現象を定量化する基盤ツール普及・高度化のためのフォーラム」
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